Magdalena Dębska, Jacek Drabik
Streszczenie
Celem przeprowadzonych badań było sprawdzenie, w jaki sposób zastosowanie etapu oddzielania podłoża od lizatu za pomocą filtrów wpływa na efektywność izolacji DNA przy zastosowaniu metody absorpcji-elucji zestawami NucleoSpin® Tissue XS oraz QIAamp® DNA Micro. Testowano również wpływ obecności nośnika RNA w buforze lizującym na wydajność procesu ekstrakcji. Materiał do badań stanowiła wysuszona krew na jałowym podłożu oraz na podłożu zawierającym inhibitor PCR, a także materiał zdegradowany. Większą efektywność izolacji genomowego DNA otrzymano w przypadku pominięcia etapu oczyszczania podłoża na filtrach zarówno w metodzie NucleoSpin® Tissue XS jak też QIAamp® DNA Micro. Różnice statystycznie istotne stwierdzono w przypadku izolacji DNA z 5 ul krwi na jałowym podłożu. Zastosowanie filtrów w metodzie NucleoSpin® Tissue XS w przypadku izolacji z 1, 2,5 oraz 5 ul krwi na jałowym płótnie oraz w próbie kontrolnej nie miało wpływu na jakość genotypowania. Natomiast dla próbek zdegradowanych oraz zawierających inhibitor PCR zanotowano większą ilość pełnych profili przy oddzielaniu lizatu od podłoża za pomocą pipety. W przypadku metody QIAamy® DNA Micro zastosowanie filtrów wpływało na uzyskanie mniejszej ilości pełnych profili genetycznych w rozpatrywanych przypadkach. Nie zaobserwowano znaczącego wpływu obecności nośnika RNA ani na uzyskiwane stężenia DNA, ani na jakość otrzymywanych profili genetycznych.
Słowa klucze: izolacja DNA, nośnik RNA, ślady biologiczne, kryminalistyczne badania DNA, metoda absorpcji-elucji.
Summary
The purpose of the research was to compare two methods of separation of the lysate from the solid sample material by the use of filter units and by pipette using different protocols for silica membrane based kits: NucleoSpin®Tissue XS and QIAamp® DNA Micro. The influence of carrier RNA addition to the lysis buffer on efficiency of DNA extraction was also tested. The material for the research consisted of dried blood spots on sterile linen as well as on jeans containing PCR inhibitor and also degraded DNA. As far as quantity aspect is concerned better results in both methods were obtained with no use of filter units. Statistical significance was observed in case of DNA extraction from 5 ul of blood on sterile linen. On the other hand the use of filter units had no influence on quality of LDNA profiles in case of DNA extraction from 1, 2,5 and 5 ul of blood on sterile linen or from control samples. Better genotyping quality was obtained for degraded DNA and samples on jeans when the lysate was separated by pipette. The use of filter units in QIAamp® DNA Micro kit caused a decrease in genotyping quality. There was no significant influence on concentration of DNA or on genotyping quality when carrier RNA was added to the lysis buffer.
Keywords: DNA extraction, carrier RNA, forensic biology, absorption-elution method.